Al 3′ passa subito il Villareal con Danjuma che lanciato da Parejo segna calciando sotto le gambe di Musso. L’Atalanta reagisce e ha una buona occasione con Toloi e soprattutto inizia a macinare il suo gioco.

Al 15′ anche Freuler si rende pericolo ma Rulli riesce a smanacciare. Dopo una forte pressione la Dea cala un po’ e il Villarreal non soffre più come in precedenza e anzi al 42’ raddoppia con Capoue che batte Musso per lo 0-2.

Nella ripresa Gasperini tenta con i cambi di invertire gli esiti di una gara complicata in cui i bergamaschi dovrebbero vincere per il passaggio del turno ma al 51’ arriva la terza rete del Villareal con Danjuma. L’Atalanta prova a reagire e al 58’ Malinovskyi scheggia l’incrocio dei pali su punizione, poi al 63’ Zapata prende il palo esterno. E al 71’ arriva la rete di Malinovskyi con leggera deviazione di Moi Gomez. All’80’ arriva anche il goal del 2-3 firmato da Zapata abile a sfruttare l’assist di Ilicic. All’86’ la Dea potrebbe anche pareggiare ma Muriel prende il palo e Toloi non riesce a ribadire in rete sulla ribattuta. Al 95’ è il Villareal che potrebbe mettere a segno la quarta rete ma Dia sciupa l’occasione davanti a Musso.

Sotto 3-0 subito dopo l’intervallo, all’Atalanta non riesce dunque la rimonta che sarebbe stata necessaria per vincere e approdare agli ottavi di Champions. I goal di Malinovskyi e Zapata non bastano alla Dea che scende in Europa League. 

Atalanta-Villareal 2-3